t = 0 // просто плюсуем секунды
a=true; // открыто ли окно
setInterval(function(){
if(!a) return; // если не открыто, ничего не делаем
// если открыто,прибавляем 1
document.getElementById('time').innerHTML = ++t;
},1000)
// тут ясно
window.onfocus = function(){ a = true; }
window.onblur = function(){ a = false; }
только не забудьте
<!DOCTYPE HTML>