[poorking]

Во первых
var idArray = new Array();

Во вторых может не работать потому что атрибут value не валиден для tr

Сравнивайте лучше, раз у вас по одной ячейке в ряду и InnerHTML совпадает с tr[value], так

var table = document.getElementById("List");
var select = document.getElementById("select");

for(var i = 0, tlen = table.rows.length; i < tlen; i ++){
  for(var j = 0, olen = select.options.length; j < olen; j ++){
    if(table.rows[i].cells[0].innerHTML == select.options[i].value){
      select.removeChild(select.options[i]);
    }
  }
}

Как то так наверно, не тестил, но суть.