[alex_2017]

Я пробовал без атрибута value для tr, парсил id и сравнивал с ним.
Результат был тот же. По все видимости я перемудрил в циклах. Косяк где-то там, но найти его сил уже у меня нет.

Решил проблему излишним, но более прозрачным кодом:

function gen_list()
{

	var idArray = new Array();
	var selectArray = new Array();
	var OutherArray = new Array();
	var id, accom, selectOption, selectOptionValue;

	var table = document.getElementById('List');
	var tableRowCount = table.rows.length;
	
	for(var i = 0; tableRowCount > i; i++)
	{
		var tableRow = table.rows[i];
		var tableRowValue = tableRow.getAttribute('value');
		idArray[i] = tableRowValue;
	}
	
	
	var select = document.getElementById('select');
	var selectOptionCount = select.options.length;

	for(var i = 0; selectOptionCount > i; i++)
	{
		selectOption = select.options[i];
		selectOptionValue = selectOption.getAttribute("value");
		selectArray[i] = selectOptionValue;
	}	
	
	var k = 0;
	
	for(var i = 0; selectArray.length > i; i++)
	{
	
		for(var j = 0; idArray.length > j; j++)
		{
			if(selectArray[i] == idArray[j])
			{
				OutherArray[k] = selectArray[i];
				k++;
			}
		}
	
	}
	
	for(var i = 0; OutherArray.length > i; i++)
	{
		id = 'id' + OutherArray[i];
		selectOption = document.getElementById('id' + OutherArray[i]);
		select.removeChild(selectOption)
	}

}

Вам, poorking, большое спасибо за участие!