а что если попробовать так.
После добавления нового элемента запускать функцию поиска всех ссылок с нужным параметрами , заодно сразу посмотришь отлавливается ли вновьдобавленная.
Так думаю будет ок.
Короче ("<li><\/li>").appendTo("#images").html("<a rel=\"facebox\" href=\"images.jpg\">images<\/a>");
сделала
А ПОТОМ выбираешь все ссылки со своим релом и в each() перезаписываешь обработчик)
Но я не знаю чем неугоден вариант 1