Так и не нашел в чем беда, но вот так работает:
else if ( document.getElementById('Gigabyte').checked == true )
{
var checkedlesson1=0;
var les1 = document.getElementsByClassName('lesson1');
//dump(les1);
for(var i=0; i<les1.lenght; i++)
{
if (les1[i].selectedIndex > 0)
{
checkedlesson1++;
}
if (checkedlesson1 > 3)
{
alert ( "You can select only 3 classes in session" );
valid = false;
}
}
}