AJAX к примеру, или пере адресация.
if (confirm("Вы уверены, что вы хотите удалить запись?"))
location.href = 'delete.php?id='+a;
// ИЛИ
if (confirm("Вы уверены, что вы хотите удалить запись?")) {
//Тут отправляете AJAX запрос, и передаете ID удаляемого элемента.
}
в обоих случаях не нужно SQL запрос делать на JS'e а просто передавайте в качестве параметра ID элемента.