У меня была проблема с Ajax в IE, и я после долгих исканий и переписывания кода все таки нашел. Этот кусок кода надо вставить в php файл, на который идет запрос:
header("Last-Modified: " . gmdate("D, d M Y H:i:s") . " GMT");
header("Cache-Control: no-store, no-cache, must-revalidate");
header("Cache-Control: post-check=0, pre-check=0", false);
header("Pragma: no-cache");