"Нормального" способа нет. Но можно сделать так:
var clearAllTimers = function(){
var lastID = 0;
return function(){
var currentID = setTimeout(function(){}, 1);
for(var id = currentID; id > lastID; id--){
clearTimeout(id);
};
lastID = currentID;
};
}();
setInterval(function(){
alert("test");
}, 100);
clearAllTimers();