[melky]

var Data = [ 

     [34.097111,44.952333],
     [34.58724,45.059185],
     [35.0855,45.029082],
     [35.383875,45.030324],
     [36.468772,45.347998]

];

var arr = [],c;

for(var i=0;i<Data.length;i++){ // от 0 до 4
      
      c = Data[i];  //  [34.097111,44.952333] при i=0

      arr.push( new  YMaps.GeoPoint( c[0],c[1] ) );

}

//arr - массив YMaps.GeoPoint

var pl = new YMaps.Polyline(arr);
map.addOverlay(pl)

а это если кода поменьше хочется. только неуверен, что будет работать

var D = [ 

     [34.097111,44.952333],
     [34.58724,45.059185],
     [35.0855,45.029082],
     [35.383875,45.030324],
     [36.468772,45.347998]

];

var c;

for(var i=0;i<D.length;i++) D[i] = new  YMaps.GeoPoint( (c=D[i])[0],c[1]  );


map.addOverlay(  new YMaps.Polyline( D )  )