Был не прав
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
window.onload = function(){
// выполняемые действия
alert(document.getElementById('fr').contentWindow.document.childNodes.length); // доступ по индексу тоже не работает
}
</script>
</head>
<body>
<iframe src="javascript:true;" id="fr"/>
</body>
</html>