Packer без проблем справляется с условной компиляцией, кроме извращенных случаев, типа:
return /*@cc_on makeArray( @*/ (node || document).getElementsByTagName(tag || '*') /*@cc_on ) @*/;
А если YUICopressor не умеет сжимать конструкции JScript, зачем им пользоваться?