Обновился до Firefox 5, перестали работать скрипты всплывающих окон.
Даже такой самый примитивный скрипт
var wnd = window.open('http://www.yandex.ru', null, 'height=200,width=500,toolbar=no');
Причем не то чтобы они забанены, галка "Блокировать всплывающие окна" в настройках браузера снята. Сами окна открываются, но без содержимого и указанных размеров окна, просто белый экран. Подозреваю, что дело не столько в скриптах, сколько в какой-то кривизне настроек браузера, но пока не удалось разобраться.