Пример пжалста, ибо не могу представить такой ситуации. У всех в DOM'е один главный предок.)
Пример:
<html>
<body>
<style>div{padding:5px;margin:5px;border:2px dotted #000}
#first{border-color:#f00}
#second{border-color:#0f0}
#parent{border-color:#00f}
</style>
<div>
<div>
<div></div>
<div id="second"></div>
</div>
<div id="first"></div>
</div>
<script>
function unitedParent(first,second){
var parents=function(e){var a=[];while(e=e.parentNode)a.push(e);return a};
var f=parents(first), s=parents(second), fl=f.length, sl=s.length;
while(f[--fl]&&f[fl]===s[--sl]);
return f[fl+1]||null
}
unitedParent(document.getElementById('first'),document.getElementById('second')).id="parent";
</script>
</body>
</html>