Пока что нашёл один способ решение, но хотелось бы как нибудь по поэлегантнее.
manifest.json:
"content_scripts": [
      "js": ["init.js"],
	  "run_at": "document_end"
    }
  ],
function include(url) {
  var script = document.createElement('script');
  script.setAttribute('type', 'text/javascript')
  script.setAttribute('src', url);
  document.getElementsByTagName('head').item(0).appendChild(script);
}
include('chrome-extension://ifihndkdhfbnlacjcjmejcehaklmoemd/script.js')