Используйте свойство объекта события target
<head>
<script type="text/javascript">
window.onload = function () {
document.onclick = function (e) {
e = e || window.event;
if((e.target || e.srcElement).id != 'window') {
document.getElementById('window').style.display = 'none';
}
}
}
</script>
</head>
<body>
<div id="window" style="position: absolute; top: 50px; left: 50px; background: red; width: 50px; height: 50px;"></div>
</body>