[Amphiluke]

Всё очень даже логично. Добавляемые padding`и идут в счет общего увеличения высоты контейнера. Свойства типа clientHeight и offsetHeight считают с учетом всех padding`ов, а CSS свойство height — нет, поэтому результирующая выстота растет, несмотря на то, что вы пытаетесь ее уменьшать. Для того, чтобы восстановить нормальный порядок анимации, вам нужно самому учесть наличие padding`ов и вычитать их тоже при анимации.


P.S. И, кстати, не забывайте об единицах измерения, когда устанавливате значение div.style.height