Если операционная система - windows, то создайте 
HTA-приложение (это обычный HTML-файл с разрешением 
*.hta и со специальным тегом в шапке, атрибуты которого позволяют расширить возможности HTML файла). В нем поместите свой скрипт и iframe c дополнительным атрибутом 
application="yes". В таком случае вы получите доступ к любому содержанию фрейма и сможете выполнять с ним любые манипуляции.