[Zibba]

Заведите какой нибудь массив в функции, перед условиями на true и false. и в Цикле:

var old[];
while(i < tr.length){
    // запишите в него значения из ячеек таблицы
    var td = tr[i].getElementsByTagName('td');
    old[i] = td[3].innerHTML;
    i++;
}
/* теперь у Вас в массиве old сохранены значения ячеек с исходными
 значениями и теперь можно в дальнейшем для вычисления значений
 использовать его.

 например так
*/
if (document.getElementById("in_rub").checked==true) {
    i = 1;
    while(i < tr.length){
        var td = tr[i].getElementsByTagName('td');
        var value = parseFloat(old[i]) / parseFloat(kurs);
        td[3].innerHTML = value.toFixed(2);
        i++;
    }
}
/* а обратное преобразование и того будет проще, просто в цикле без
 всяких вычислений, записывайте в нужную клетку созраненное ранее
 значение. Вот таким образом
*/
td[3].innerHTML = old[i];