По делу (ну надо же как-то подытожить). В общем, как я понял, дело было в том, что атрибут rowspan существовал, выводился (равным 1), но... не изменялся. Вероятно, в IE он только для чтения (если такое вообще возможно). Потому что других объяснений я не вижу, он так и оставался равен 1 после всех манипуляций. Ну отсюда и лаги. В первой функции ячейки удалялись, а верхняя не растягивалась вниз. Во второй функции ячейки должны бы вставляться, но количество вставок бралось из rowspan, и только при условии что оно больше 1, а rowspan везде был 1. Так что вторая функция и вовсе ничего не делала, плюс ругалась при попытке обратиться к свойствам якобы вставленных ячеек