[melky]

код надо вставлять в специально подготовленные для этого теги

[js]
... ваш код...
[/js]

для решения этой задачи надо где-нибудь сохранять номера таймаутов при их инициализации и по клику на элемент очищать эти таймауты. сделать это в пределах текущей задачи можно так

var sideA = $('aside nav a'),
    q = 0,
    timeouts = [];


$('.pakages_menu a').each(function(i) {
    // setTimeout возвратит ИД таймера, который потом будет использоваться при клике
    // не создаем лишних переменных, сразу загоняем это дело в массив.
    timeouts.push(setTimeout(function() {
        $(sideA).removeClass('pm_active');
        $(sideA[q]).addClass('pm_active');
        q += 1;
    }, 1000 * i));
});

sideA.click(function(){
    // обходим массив ИД таймеров
    $.each(timeouts, function(i,id){
        clearTimeout(id); // очищаем таймаут
    }); 
    // на всякий случай очистим массив
    timeouts = [];
});