[Magneto]

var timeSlider = 2000; //Время автоматической смены слайда

//  При клике по элементу myElement утанавливаем значение таймера в 10000
myElement.addEventListener('click', function () { timeSlider = 10000 }, false);

function StartSlider( firstPoint, secondPoint, largePath, largeAlt){  //Функция смены слайда
...
}


$(document).ready(function(){
        $(".slider__navigation a").click(function(){
...
                    StartSlider( firstPoint, secondPoint, largePath, largeAlt); //Тут я вызываю прокрутку слайда
            return false;
        });

        setInterval(function(){
            StartSlider( firstPoint, secondPoint, largePath, largeAlt);
            timeSlider = 2000;  //  после первого срабатывания таймера устанавливаем значение в 2000
        }, timeSlider);
});