[LostSenSS]

Спасибо большое за развернутый ответ!

Сделал так:

myvar = getPageScroll(); 
            if (myvar <= 849){
                $("#popup").stop();    
                $("#popup").animate({top: -100}, 200);
            }             
            if (myvar >= 850){
                $("#popup").stop();
                $("#popup").animate({top: 0}, 200);
            }

Стало лучше, намного.
Единственный минус который сейчас - если скроллить с помощью перетаскивания скролла мышкой, то выпадание 'тормозится' (что собственно и понятно).
Можно как-то это побороть?
Можно конечно сделать, что бы всплывайка появлялась мгновенно, но очень хочется, что бы плавно.