[LostSenSS]

Догадался сам

$(window).scroll(function() {
            topvar = $("#popup").css('top');
            myvar = getPageScroll(); 
            if ((myvar <= 800) && (topvar == '0px')){
                $("#popup").animate({top: -100}, 200);
            }             
            if ((myvar >= 900) && (topvar == '-100px')){                
                $("#popup").animate({top: 0}, 200);
            }                                    
    });

Теперь всё работает так как должно. И $("#popup").stop(); даже не нужен