[doniv]

Используйте анимацию в jQuery а не на таймерах, хром при уходе из вкладки замедляет работу таймеров, из-за этого и происходит такое.

Спасибо, но проблема была во всех браузерах. Скорее всего она связана с чем-то более глобальным, чем замедление.

Добавил обработку на события при возвращении и переключении вкладки/окна.

Решение:

$(window).blur(function(){
            clearInterval(autoSlide); //Останавливаем слайдер
});

$(window).focus(function(){
            clearTimeout(newAutoslide);
            newAutoslide = setTimeout(function(){SliderSlide(startItem)}, timeSlider); //Перезапускаем слайдер через минуту.
});