[nyols]

Так ты же решил - вот и поделись с обществом.

Я использовал JQuery, и от избавления такого клюка перед вызовом новой анимации останавливать прежнею .stop() Хотя вроде и без этого работала, но была эта самая проблема. .stop() помог. А вот в чем была причина так и не понял.

А вообще, всем известно, что setInterval не вызывается в неактивной вкладке.

Не знал)) именно используя setInterval я и делал анимацию.