Попробуйте:
<html>
<head>
<script src="script.js"></script>
<script>
count(<?php echo $perf?>);
alert(countOfFields);
</script>
</head>
</html>
В начале подключаете файл, а потом вызываете функцию. + в самом файле не надо вызывать функцию, только тут.