[DjDiablo]

1)

и толку от этого неймспейса, если он по сути становится новой глобальной областью видимости?

Он нестановится новой глобальной областью видимости! Если админ подключит к сайту быдло плагин у которого имя переменной совпадает с твоей, то твой код останется работать. Потому что твоя переменная в своём неймспейсе. и вторая причина Ты можешь раскидать код по неймспейсам код, и тем самым упростить работу с ним.

2) 3.1.4 Информационный эксперт (Information Expert)- GRASP

6)

почему мне не достаточно знать, где что инициализируется, почему мне нужно засунуть это в одно место?

допустим функционал каждого модуля инициализируется в $("document").ready(function(){
инициализация компонента.
});

где гарантия того что все твои ready будут вызываться в нужно тебе порядке ? Лично для меня, невовремя включающиеся модули превратились в реальный геморой.
поэтому в модуле initJs который загружается последним. Есть код

$("document").ready(function(){
    wr.icon.init();       //инициализация 1го модуля
    wr.arranger.init();//инициализация 2го модуля
    wr.history.init();   //инициализация 3го модуля
    wr.inteface.init();  //инициализация 4го модуля
});

соответственно в каждом модуле есть свой метод init.

initJs - стал централизованным местом управления инициализацией приложения. Те модули которые в инициализации в определённом порядке не нуждаются, я неотслеживаю. Впрочем есть и противоположенный подход можно перечислить необходимые модули, прямо