предпочитаю namespace. namespace-ы удобно контролировать через фаирбаг(закладка DOM). логику если необходимо можно разбить на файлы.
область видимости для локальных небольших частей или там где это необходимо.
список файлов(js) которые используются в проекте держу отдельным файлом. так проще когда один файл разрастается и его приходиться разбивать на мелкие , или когда файл деградирует и становиться ненужен, файлы часто меняют названия или нужно подключить другой.
для себя написал js-скрипт (можно реализовать и на сервере, один человек взялся сделать это) который по этому файлу делает загрузку скриптов. в разработке любая ошибка сразу указывает в каком файле ошибка. для боя собираю все в один файл.
вот пример
разработка(dev) -
http://vflash.ru/rr2jquery/demo.use_script.html
собираю в один файл -
http://vflash.ru/rr2jquery/demo.use_pack.html
в некоторых браузерах есть проблемы с порядком загрузки файлов(IE6,IE10). но это не так страшно потому как разработку веду в firefox у которого нет таких проблем.