[Half]

Сам нашел. Автозаполнение надо ставить после загрузки текста в диалог. По сути пытался повесить обработчик событий на еще не существующий текстбокс.

function getAutoComplete(){
    $.ajax({
        url: "TSServices.asmx/GetReasons",
        dataType: "json",
        type: "POST",
        contentType: "application/json; charset=utf-8",
        success: function (data) {
            $("#ctl00_MainContent_reasonTxt").autocomplete({ source: data.d });
        },
        error: function (XMLHttpRequest, textStatus, errorThrown) {
            alert(textStatus + "\n" + errorThrown);
        }
    });
}

$('#popupHide').empty();

$('#popupHide').load(e.target.href + ' #EditForm', '', getAutoComplete);