Если вы вставляете html через innerHTML, то содержащийся внутри HTML js не будет выполнен. Если же вставить его через append метод jQuery, например, то jQuery найдет тег script и выполнит его.
var o = document.createElement('div');
o.innerHTML = '<script type="text/javascript">alert("hello")</script>';
document.body.appendChild(o);
jQuery(document.body).append(o);
P.S. Кажется я учу плохому. Если вы передаете через ajax html это проблема, если передаете через него html + js это уже беда. Трижды подумайте прежде чем так делать.