[B@rmaley.e><e]

Любой тип данных может быть объектом.

1. Из того, что он может им быть, не следует, что он им всегда является.
2. Сделайте мне из null'а объект.

function isObject(el) {
  el.someTestingProperty = arguments;
  return el.someTestingProperty == arguments
}

alert([isObject(5), isObject({}), isObject(new Number(5))])

Числа, строки, ...- они тоже объекты, но работают по значению?

Нет. Они — примитивы.

И вообще, я бы советовал понимать всё происходящее так:
Нет никаких передач по ссылке. Есть только передача по значению. Но объектов как значений не существует, есть только ссылки на объекты. И вот именно они (ссылки, а не объекты) передаются по значению.