на всякий случай повторю задачу: нужно файлы из папки css перенаправлять на css.php, остальные запросы (включая запрос css.php) на index.php. Добавляем в папку css:
RewriteRule ^\w+\.css$ /css.php
в результате apache сделает внутренний подзапрос для css.php, который надо будет отличить от реального запроса css.php. Т.е. ничего не поменяется, сэкономим только на ^css/\w+\.css$ -> ^\w+\.css$