если ты уверен, что ни одна из параметров не приходит через параметры запроса (или не генерируется на основе параметров запроса), то можно просто добавить в строку нужные значения
s.replace(/\)/, value1+','+value2+')')
а потом eval
либо определить функцию и параметры можно с помощь такого регэкспа: /^(\w+)\(([^)]*)\)$/, а разбить строку параметров на составляющие можно с помощью split(',')
p.s. я бы скорее пользовался родными средствами javascript, чем портом php-функций
p.p.s. а ты думаешь, когда jQuery подключаешь, то там меньше кода?