[Dmitry A. Soshnikov]

Такое ощущение, что setTimeoutы отрабатываются одновременно - почему?

потому что Вы их запускаете "одновременно", все они отработают через одну секунду (кроме последнего, который должен через полсекунды, т.е. раньше еще). setTimeout / setInterval работают с "отложенным временем", т.е. в Вашем примере абсолютно не значит, что setTimeout("Repl(1);", 1000); сработает через секунду после первого, а наоборот - все три - через секунду. Операции, идущие после setInterval'a будут продолжаться. Через секунду тред приостанавливается и "вклиниваются" три тайм-аута. В FF есть скрытый параметр задержки тайм-аутов (и интервалов), который, возможно, приводит к нужному результату (ну раз проблема только в Опере и IE), хотя, вряд ли.