[Kolyaj]

Например, в vim заменить эту переменную на j можно так: *Nsjn.n.n.n.

Я не понял, что это значит Это решит проблему, что вокруг полно букв i, которые не относятся к этой переменной?

Про не было var не понял, мы же про локальную переменную говорим.

Если мы локальную переменную i заменим на j, а в одном месте забудем переименовать, то в том месте образуется глобальная переменная i.
Ещё я очень часто вижу такое

var var1 = '',
    var2 = '',
    var3 = '';

Которое после нескольких добавлений/удалений переменных в каком-нибудь Notepad++ превращается в

var var1 = '',
    var4 = '';
    var5 = '';

Storm тут засветится всякими неприятными цветами, Notepad++ не поймёт, что здесь ошибка, и заметить её будет проблематично.

go to declaration... вряд ли, разве что для чужого кода.

Для чужого само собой. Но и в своём всегда приятней нажать на имя функции и перейти к её определению, чем сначала найти нужный файл, а потом найти нужное место в этом файле. А можно просто нажать на функции Ctrl+Shift+I и Storm покажет исходники функции, не переходя к ней.
Советую посмотреть файл Default keymap reference, там много интересных сочетаний клавиш есть.

А собственно, можешь сказать, какой именно рефакторинг возможен/можно доверять в phpstorm?

Что возможно -- можно посмотреть в меню Refactor. Я активно пользуюсь Rename variable, Inline variable и вроде всё из рефакторинга. Хотя если в Storm-е переименовать CSS-файл, например, то пути к нему в HTML-файлах сами поменяются.