[B@rmaley.e><e]

а где тогда хранить пароли

В голове, конечно же.
Не понимаю, зачем Вам где-либо на сервере хранить пароль от MySQL.

Если речь идёт о связке логин+пароль для доступа к БД, храните её в конфигурационном скрипте.