[ksevelyar]

// Формируем переводы строк (<br />) игнорируя <pre>...</pre>.
str = str.replace(/(?!\<pre\>(.*?))\n((.*?)?!\1)/gim, "<br />");

Работает. Осталось по аналогии исключить списки и добавить такое поведение для параграфов.

upd:
Не работает >.<