Не понял про выбор ссылки, у вас ссылки выполняют какие-то JavaScript-обработчики, или делают переход внутри фрейма? Возможно у вас ссылки имеют вид:
<a href="#" onclick="someFunc()">ссылка</a>
Тогда скролл сбрасывается, потому что не находит на странице "пустого" имени анкора.
В этом случае замените href ссылки вот так, например:
<a href="javascript://" onclick="someFunc()">ссылка</a>
Или возвращайте false из обработчика, чтоб подавить переход:
<a href="#" onclick="someFunc(); return false">ссылка</a>