[рони]

alexan0308,
Сделайте var timer глобальным и будет вам счастье ...

<script type="text/javascript">
var timer;
function start_timer()
     {
	 if (timer) clearInterval(timer);
	 secs = 0;
	 document.getElementById('timer').innerHTML = 'Время: '+ secs + ' сек.';
	 timer = setInterval(
	    function () {
	     secs++;
   		 document.getElementById('timer').innerHTML = 'Время: '+ secs + ' сек.';
		 },
		 1000
		 );
		 }
</script>
<input type="button" name="" value="test"  onclick="start_timer()"/>
<div id="timer"></div>