[Gvozd]

// - значением свойства prototype объекта-конструктора становится вновь созданный объект - А что это за объект ??- непонятно.

до тех пор, пока вы не переопределите свойство prototype объекта-конструктора, это просто пустой объект типа constr (то есть его конуструктором считается функция constr), с пустым набором свойств
__________________________________________________ ______

constr.prototype.constructor.prototype=='[object Object]' , constr.prototype.__proto__ =='[object Object]',
constr.prototype.constructor.prototype===constr.pr ototype.__proto__ , // FALSE ??

несмотря на то что левая и правая часть последнего сравнения являются объектами, сравнение ложно.
потому что это разные объекты

//конструктор свойства prototype конструктора является сам конструктор
constr.prototype.constructor==constr//из этого следует =>
constr.prototype.constructor.prototype==constr.prototype
//такую конструкцию можно дополнять циклично на любой уровень вложенности
//--------------------------------------------------------------
прототипом свойства prototype конструктора является свойство prototype конструктора Object.
constr.prototype.__proto__==Object.prototype
//--------------------------------------------------------------
constr.prototype!=Object.prototype
//зато:
constr.prototype.__proto__==Object.prototype
//то есть прототипом свойства prototype является свойство prototype Object()

__________________________________________________ ______

// К слову, также не понятно, почему :
a.__proto__.constructor===a, //FALSE , т.к. а - не есть объект-конструктор ??

а мне непонятно с чего вы решили что это должно быть так

a //объект
a.__proto__ //прототип объекта(является экземпляром типа constr)
a.__proto__.constructor //конструктор прототипа
a.__proto__.constructor==a.constructor//у прототипа и у объекта общий конструктор
a.__proto__.constructor==constr//и этот конструктор - функция constr, а не объект a

__________________________________________________ ______
на закуску:

var a=new constr()          // a      - есть объект(экземпляр) типа(класса) constr   ( constr   - это не родитель объекта a , а его тип(класс) )
alert(a.__proto__==constr.prototype)//TRUE
constr.prototype=new constr()
alert(a.__proto__==constr.prototype)//уже FALSE, так как прототип объекта остался тем же, а вот свойство prototype его конструктора уже изменилось

__________________________________________________ ______
По поводу же иерахии напишу так:

var constr = new Function()
var a=new constr()
console.log([
a.__proto__==constr.prototype, //прототип объекта
constr.prototype.__proto__==Object.prototype, //прототип прототипа объекта
Object.prototype.__proto__==null //прототип прототипа прототипа объекта уже не существует
])