[Kolyaj]

то есть, как я понял, когда я заливаю сайт на сервер, мне нужно менять адрес скрипта?

Проще сделать адрес к скрипту в конфигурации, рядом с паролем доступа к MySQL, например. Они же разные на локалхосте и в продакшне, и как то вы их меняете.

Второй вариант, перед апачем и NodeJS поставить nginx, который умеет проксировать запросы к разным ресурсам на разные порты. Тогда урлы скриптов могут быть одинаковыми.

может я реально тупой.. и чайник.

Может и не тупой, но считающий себя слишком умным. Если думать, что всё и так знаешь, то ничего нового и не узнаешь никогда.