[poorking]

bazilio2010,
потому что в up не передается el когда он ставится колбэком для таймера.

var a = 0;

function up(el) {
    var s = el;
    a += 0.1
    s.style.opacity = a;
    if (a < 1) {
       setTimeout(function () { up(el);}, 20);
    }
}

попробуйте так, здесь мы замыкаем el внутри колбэка для таймера, а потом с ним (el) вызываем up