На фига вам вообще прототайп то понадобился, неужто лайт бокса на jquery не нашли ?
И прототайп и jquery используют функцию $() отсюда и проблема
возможный вариант решения
Используйте к примеру
jQuery.noConflict();
и когда вам нужен jQuery обращайтесь не $ , а $jQuery в том числе и в demo.js и в плагинах jquery.
Пример продвинутого (противоконфликтного
) demo.js
jQuery(function($) {
$("#navigation").treeview({
collapsed: true,
animated:"normal",
unique: true,
persist: "location"
});
// second example
$("#browser").treeview({
animated:"normal",
persist: "cookie"
});
});