А разве они так могут проверятся? В js массивы (объекты) передаются по ссылке, т.е., если две переменные ссылаются на один и от же массив, то они равны и идентичны. Если Вы хотите проверить наличие одинаковых элементов, то это уже другой разговор.
var x = [1, 2];
var z = x;
alert(x === z); // true
alert(x == z); // true
var z = [1, 2];
alert(x === z); // false
alert(x == z); // false