[Zeroglif]

Почему же нельзя определить Класс как пару Конструктор + прототип ?

Можно определить, никто не мешает тому, как именно держать это в уме.

что однозначно определяет всю цепь наследования

Ваш первоначальный конструктор может быть пустой безымянной функцией, которая связывает прототип с объектом и тихо помирает - ни имени, ни тела, ничего. То, что это первоначальный создатель видно по коду, но обычными словами род/тип объекта не выразить, признаков нет, уцепиться не за что. Суть объекта (что он наследует) возможно будет выражена где-то выше, допустим в цепи его прототипов есть Func.prototype, и этот конструктор Func вполне себе попадает в instanceof, хотя конструктором вышеуказанного объекта не является ни разу.