[melky]

обернуть в замыкание

function b(a) {
    return a * a;
}
for (a = 0; a < 5; a++) {
    c = a;
    if (a == 3) {
    (function(a){
        setTimeout(function() {
            c = b(a);
            alert(c);
//как сделать чтоб тут алерт выполнился когда а = 3;?
// а то выполняется когда уже а = 5
        }, 5000);
    })(a);
    }
    alert(c);
}