[Amphiluke]

Можно использовать замыкание

function b(a) {
    return a * a;
}
for (var a = 0; a < 5; a++) {
    c = a;
    if (a == 3) {
        setTimeout((function(aParam) {
            return function() {
                c = b(aParam);
                alert(c);
            };
        })(a), 5000);
    }
    alert(c);
}

Ага, опередили. =)