[monolithed]

Livaanderiamarum, мне кажется или так проще?

var FunctionX = Function;

var a = FunctionX('', 'return 1');

FunctionX.prototype.proto1 = function() {
    return 2;
};

Function.prototype.proto2 = function() {
    return 3;
};  

alert([
    a(),  //1
    a.proto1(),  //2
    a.proto2(), //3
    a instanceof FunctionX, //true
    a instanceof Function //true 
])

PS: не читал весь тред