Не он хочет так:
// ...
FunctionX.prototype.proto = function() {
alert('proto')
}
Function.prototype.proto2 = function() {
alert('proto2')
}
var a = FunctionX('', 'alert("FunctionX")');
var b = Function('', 'alert("Function")');
a() //FunctionX
a.proto() //proto
a.proto2() //proto2
b() //Function
b.proto() //b.proto is not a function
b.proto2() //proto2