[Gvozd]

Не он хочет так:

В идеале скорее так, но это как обсуждалось выше невозможно из-за отстутсвия возможности переопределить Function.prototype, и того что все функции указывают на него, как на свой прототип

// ...

FunctionX.prototype = {
    proto : function() {
        alert('proto')
    }
}
Function.prototype.proto2 = function() {
    alert('proto2')
}

var a = FunctionX('', 'alert("FunctionX")');
var b = Function('', 'alert("Function")'); 
    
a() //FunctionX 
a.proto() //proto
a.proto2() //proto2
b() //Function
b.proto() //b.proto is not a function
b.proto2()  //proto2